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山東省農(nóng)業(yè)科學(xué)院種質(zhì)資源所解析綠豆基因組及馴化機(jī)制

發(fā)布日期:2024/12/30 12:06:09 點(diǎn)擊數(shù):142

        種質(zhì)資源所農(nóng)作物種質(zhì)資源收集保護(hù)和評(píng)價(jià)創(chuàng)新團(tuán)隊(duì)在綠豆(Vigna radiata)基因組組裝及馴化機(jī)制研究上取得新進(jìn)展。研究論文“Telomere-to-telomere, gap-free genome of mung bean (Vigna radiata) provides insights into domestication under structural variation”近日在園藝學(xué)頂級(jí)期刊《Horticulture Research》(中科院一區(qū)Top,IF=7.6)在線發(fā)表。綠豆是全球重要的一年生豆科作物,具有生長(zhǎng)周期短、投入需求低及營(yíng)養(yǎng)豐富等優(yōu)勢(shì)。綠豆經(jīng)過(guò)長(zhǎng)期馴化,其形態(tài)和生理演化的遺傳機(jī)制未被完全揭示。本團(tuán)隊(duì)通過(guò)整合PacBio HiFi、Oxford Nanopore和Hi-C測(cè)序技術(shù),首次實(shí)現(xiàn)了“濰綠9號(hào)”綠豆品種的端粒到端粒(T2T)、無(wú)缺口的基因組組裝。500 Mb的基因組包括11條染色體和28,740個(gè)蛋白編碼基因,揭示了基因組中49.17%的重復(fù)序列。研究發(fā)現(xiàn),轉(zhuǎn)座子元素的近期擴(kuò)增顯著影響了鄰近基因的表達(dá)。此外,通過(guò)整合結(jié)構(gòu)變異(SV)和單核苷酸多態(tài)性(SNP)數(shù)據(jù),識(shí)別出脂肪酸合成、亞油酸生物合成及苯丙氨酸代謝過(guò)程在馴化過(guò)程中經(jīng)歷了強(qiáng)烈選擇。這些發(fā)現(xiàn)為解析綠豆馴化遺傳機(jī)制、品種改良和新品種選育奠定了基礎(chǔ)。

 
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